Les spectres RMN sont pré-traités : phase, ligne de base, alignement des pics, puis soit quantifiés, soit segmentés en "buckets" de petite taille. Les variables RMN ainsi produites sont ensuite soumises à des analyses statistiques multivariées spécifiques, dédiées à la métabolomique, de type OPLS-DA.Ces statistiques permettent de mettre en évidence un profil métabolique caractéristiques d'un groupe, par rapport à un autre (contrôle par exemple) et de trouver des biomarqueurs spécifiques. Les biomarqueurs peuvent être un, plusieurs métabolites, ou le profil métabolique global.